免受污染，特别是保持天然提取物的原始质量；再加上其高分离度，它比传统的蒸馏和普通的高。如果在普通精馏过程中容易发生鼓泡和沸腾，分子蒸馏是液膜表面的自由蒸发，操作压力很低，一般为0。1-1Pa量级，加热时间很短。此外，普通蒸馏的蒸发和冷凝是可逆过程，液相和气相处于动态相平衡。在分子蒸馏中，从加热表面逸出的分子被直接喷射到冷凝表面，因此分子蒸馏不难分离物质。
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